Полное секвенирование экзома — это комплексное генетическое тестирование, в котором используется технология секвенирования нового поколения (NGS) для анализа кодирующих областей генома ~ 20 000 генов. Данные кодирующие области называются «экзонами», а все экзоны вместе называются «экзомом». Поскольку при полном секвенировании экзома исследуется большое количество генов, данный метод позволяет обнаружить причину заболевания в тех случаях, когда другие исследования не дали результата.
Генетическая диагностика проводится с целью выявления генетических изменений/вариантов у пациента. Все клетки организма содержат генетический материал, представленный молекулой ДНК, плотно упакованной в структуры, называемые хромосомами. Молекула ДНК содержит тысячи генов, представляющие собой инструкции, по которым развивается и функционирует организм человека. Каждый ген содержит информацию, необходимую для синтеза белка, которые используются клетками для выполнения своих функций. Ген состоит из последовательности нуклеотидов («букв») в определенном порядке. Четыре буквы, используемые для создания этой последовательности, - A, T, G и C.
Генетические нарушения вызваны изменением последовательности букв, составляющих гены. Результаты генетического анализа могут подтвердить (но не исключить) генетическую природу заболевания или помочь определить вероятность развития или передачи генетического заболевания у человека. Молекулярно-генетические тесты анализируют отдельные гены и/или короткие участки ДНК для выявления вариаций или изменений, которые приводят к генетическому заболеванию.
Зачем делать полное секвенирование экзома
Данный вид исследования помогает установить диагноз и спрогнозировать дальнейшее течение болезни и определить риски возникновения осложнений или их отсутствие.
А также совместно с пациентом скорректировать планирование беременности с помощью ЭКО и подобрать ряд диагностических исследований: ПГТ-М, НИПТ и тд.
Почему врачи рекомендуют пройти полное секвенирование экзома в лаборатории Медикал Геномикс
- Для корреляция генотипа и фенотипа необходимо тесное взаимодействие клинического генетика и биоинформатика.
В команде Медикал Геномикс работают врачи-генетики, имеющие ученые степени в биологии и медицине, которые постоянно повышают квалификацию, публикуют научные статьи в цитируемых журналах и являются членами РАРЧ, РОМГ, ESHRE.
Команда биоинформатиков анализирует данные секвенирования экзома с 2010 года и имеет огромный опыт в биоинформатической обработке данных.
- Также в нашей лаборатории после секвенирования экзома методом NGS можно валидировать мутацию с помощью секвенирования по Сэнгеру.
- Наши эксперты ориентируются на международные рекомендации и следуют общепринятым стандарты проведения исследования. Поэтому после проведения анализа и выдачи заключения мы можем предоставлять первичные данные секвенирования по запросу. Это значит, что мы уверены в качестве нашего прочтения генома и не боимся проверки других независимых лабораторий.
Специальная подготовка к секвенированию экзома не требуется. Вам не нужно приходить натощак, соблюдать диету или изменять свои привычки, сдать кровь для данного исследования можно в любое удобное время.
После секвенирования («прочтения») экзома, полученная информация анализируется на предмет различий между последовательностью пациента и референсной («нормальной») последовательностью. У каждого есть уникальные места в экзоме, которые отличаются от референсной последовательности. Такие изменения (варианты) делают нас уникальными и, как правило, не вызывают заболеваний. Чтобы определить, являются ли обнаруженные варианты нейтральными или могут вызывать какое-либо заболевание, предпринимаются следующие шаги:
- Найденные варианты сравниваются с описанными во всемирных базах данных вариантами, которые вызывают определенные синдромы или заболевания.
- Неописанные ранее варианты проверяются на возможность влияния на работу определенных генов и белков, ассоциированных с патологическими процессами и синдромами, приводящих к предполагаемому заболеванию.
Есть пять возможных результатов генетического анализа:
a) Положительный результат: обнаружено наличие одного или нескольких вариантов, рассматриваемых в качестве возможных причин предварительного диагноза, в связи с которым проводилось исследование. Эта находка подтверждает или уточняет диагноз. При положительном результате будет сообщено о наличии определенного изменения в генетическом материале. Такие изменения являются патогенными или вероятно патогенными, то есть будет установлена причина возникновения генетического заболевания.
b) Неокончательный результат: обнаружен один или несколько вариантов с неизвестной клинической значимостью. В этом случае может потребоваться проведение дополнительных анализов или исследование других членов семьи, чтобы подтвердить, связаны ли результаты с предварительным диагнозом, в связи с которым проводилось исследование.
c) Отрицательный результат: не было обнаружено генетических вариантов, которые могли бы объяснить предварительный диагноз. Отрицательный результат не означает отсутствие генетической патологии, так как он зависит от разрешающей способности проведенного анализа и ограничений используемого метода. В результате секвенирования экзома могут быть обнаружены изменения ДНК, значение которых не известно. Некоторые неописанные варианты могут быть причиной заболевания, другие могут оказаться вариантом нормы.
d) Неинформативный результат: выдается в исключительных случаях при обнаружении загрязнения, низкого качества или недостаточного количества образца. В таких случая требуется перезабор биоматериала.
e) Случайные/«вторичные» находки: в редких случаях тест может выявить важные генетические варианты, которые напрямую не связаны с предварительным диагнозом. Например, анализ может предоставить информацию об индивидуальном риске других генетических заболеваний. Эта информация может повлиять на тактику лечения пациента и сообщается на основании информированного согласия, подписанного пациентом.
Интерпретация результатов экзомного секвенирования основана на доступной в настоящее время в медицинской литературе и научных базах данных информации. Поскольку литература, медицинские и научные знания постоянно обновляются, новая информация, которая станет доступной в будущем, может заменить или дополнить информацию, которая была использована для интерпретации результатов. Повторный анализ вариантов в ранее выданных заключениях с учетом новых данных обычно не проводится, но доступен по запросу.
Рекомендуется забрать из лаборатории необработанные «сырые» данные экзомного секвенирования с целью сохранения для будущей повторной интерпретации.
Генетическое консультирование
Врач, который направляет/рекомендует генетический анализ, берет на себя обязательство предоставить соответствующее генетическое консультирование до и после тестирования, направленное на предоставление информации о запрашиваемом тесте, цели, возможных результатах и его последствиях. Специалисты ООО «Медикал Геномикс» готовы помочь лечащему врачу и пациенту ответить на все вопросы, которые могут возникнуть.
Сообщение о случайных находках:
Генетические исследования позволяют одновременно анализировать множество различных генов. Поэтому возможно, что генетический вариант, обнаруженный при генетическом анализе, не связан с причиной заболевания, в связи с которым проводилось исследование. Эти результаты, известные как случайные находки, могут предоставить информацию, не имеющую отношения к клиническим симптомам пациента, но могут иметь медицинское значение для лечения пациента в будущем.
Использование в научно-исследовательских целях:
Личные (медицинские) данные и (оставшийся) образец(ы) могут помочь в дальнейших исследованиях, разработке и улучшении диагностических методов и, возможно, терапевтических решений. Результаты таких исследований в будущем могут быть включены в клинические рекомендации и руководства, что будет полезным для пациента и членов его семьи, например, в отношении диагностики и лечения потенциального генетического заболевания.
Анализ образца будет выполняться ООО «Медикал Геномикс» или ассоциированной группой, выбранной ООО «Медикал Геномикс» на международном уровне (в таком случае будут приняты соответствующие гарантии для обеспечения стандарта защиты персональных данных, эквивалентного европейскому).
Показания для полного секвенирования экзома
Как тест первой линии, это исследование может быть назначено:
- Для диагностики генетически гетерогенных заболеваний
- При атипичных клинических проявлениях, не указывающих на конкретное заболевание (у пациентов с задержкой в развитии, расстройством аутистического спектра, эпилепсией)
- При сложной диагностике в неонатальном периоде
- Для определения статуса носительства наследственных заболеваний Также исследование назначается в случае отягощенной наследственности, если другие генетические исследования не позволили установить диагноз.
Можно ли сдать этот анализ здоровому человеку?
Да, можно. Даже если у человека нет никаких признаков заболеваний и осложнений, он может сделать такой анализ ДНК. Результаты исследования дадут пациенту понимание где и в каких генах есть мутации.
Такой скрининг на носительство мутаций подойдет для людей, которые планируют беременность.
Вторичные находки
Во время анализа секвенирования могут быть обнаружены некоторые варианты, которые не связаны с текущими симптомами пациента (вторичные находки). Тем не менее, эта информация может иметь важные последствия для здоровья пациента и членов их семей.
Вторичные находки могут быть включены в отчет пациента. Наше секвенирование экзома включает все гены, перечисленные в списке генов ACMG (Американский колледж медицинской генетики и геномики). Мы учитываем последние рекомендации по генетическому тестированию, чтобы улучшить качество наших заключений. Список генов ACMG (скачать)
Полное секвенирование экзома — это комплексное генетическое тестирование, в котором используется технология секвенирования нового поколения (NGS) для анализа кодирующих областей ~ 20 000 генов генома. Данные кодирующие области называются «экзонами», а все экзоны вместе называются «экзомом». Поскольку при полном секвенировании экзома исследуется большое количество генов, данный метод позволяет обнаружить причину заболевания в тех случаях, когда другие исследования не дали результата.
Ограничения метода.
Ни один из методов, используемых для генетического тестирования, не может выявить все возможные генетические изменения, связанные с конкретной патологией. Каждая технология имеет определенные показания и ограничения, которые будут отражены в окончательном заключении. Постнатальные генетические тесты проводятся на ДНК, выделенной из образцов, полученных с использованием неинвазивных методов диагностики, таких как соскоб со слизистой оболочки рта, или с помощью минимально инвазивных диагностических методов, таких как венозная пункция. Ограничения методики экзомного секвенирования:
Метод не позволяет выявлять:
- инсерции и делеции длиной более 10 п.о.,
- мутации в интронных областях (за исключением канонических сайтов сплайсинга),
- вариации длины повторов (в том числе экспансии триплетов), а также мутации в генах, у которых в геноме существует близкий по последовательности паралог (псевдоген),
- ненаследственные (соматические) мутации, а также мутации в некодирующей части ДНК.
С помощью секвенирования клинического экзома нельзя обнаружить мутации в генах, не включенных в панель. Перечень анализируемых панелью генов доступен на сайте medicalgenomics.ru.
Метод не предназначен для:
- определения фазы пар гетерозиготных мутаций, а также для оценки уровня метилирования,
- выявления хромосомных перестроек, полиплоидии, выявления мутаций в состоянии мозаицизма.
За исключением кариотипа и FISH (флуоресцентная гибридизация in situ), никакая другая технология, используемая в диагностике, не способна обнаружить сбалансированные хромосомные перестройки.
Несоответствующий тип биологического материала, недостаточное количество и/или сниженное качество материала могут повлиять на эффективность и надежность результата. Время от сбора биологического образца до его обработки может повлиять на качество ДНК.
Как и в случае любого генетического теста, существует небольшая вероятность того, что результат будет неточным из-за исключительных обстоятельств (ошибка во время сбора образцов или маркировки, ошибка во время обработки или интерпретации результатов).
Все лабораторные исследования, включая полное секвенирование экзома, не являются точными на 100%.
Предлагаемый генетический диагноз может быть неверным.
Настоящий диагноз пациента может быть не установлен этим тестом.
Секвенирование экзома может выявить серьезные, неизлечимые генетические заболевания.
Мутация, связь которой с генетическим заболеванием на сегодняшний день не установлена, может оказаться причиной заболевания через год или два. В этой связи целесообразно переанализировать полученные при экзомном секвенировании данные минимум через год для получения нового отчета.
В дополнение к вышеизложенному, пренатальное диагностическое тестирование имеет следующие специфические ограничения и риски:
1. Наличие генетических изменений, затрагивающих плаценту, но не плод (плацентарный мозаицизм).
2. Генетические изменения, затрагивающие ограниченное количество клеток плода (мозаицизм плода).
3. Плод, генетическое происхождение которого не соответствует анализируемым родителям (донорство яйцеклеток, донорство спермы, отсутствие родства и т.д.)
4. Наличие генетического материала материнского происхождения в анализируемом образце (контаминация материнскими клетками). Контаминация материнскими клетками материала плода будет проверена с помощью дополнительного теста. Для проведения дополнительного теста необходимо отправить кровь или ДНК матери. Однако в случаях, когда материал матери недоступен, контаминация материнскими клетками может повлиять на результат.
Для проведения теста требуется 4-6 мл венозной крови в пробирке ЭДТА c фиолетовой крышкой.
Клиент самостоятельно осуществляет забор биоматериала, используя набор расходных материалов, предоставленных нашей лабораторией, либо обращается в медицинскую организацию. Внимание! Вы самостоятельно обеспечиваете соблюдение инструкции по забору биоматериала.
В случае обращения клиента к нашему партнеру он несет ответственность за действия или бездействие медицинской организации. Наши партнеры обеспечены необходимыми расходными материалами.
Также обратите внимание: если биоматериал предоставлен некачественно (например, с нарушением условий хранения или транспортировки), это может увеличить срок выполнения анализа или сделать его проведение невозможным.
Мы НЕ храним биоматериал после оказания услуги.
В течение 1 рабочего дня после оформления услуги мы отправляем Вам набор расходных материалов: 1 пробирка ЭДТА c фиолетовой крышкой, 1 гелевый хладоэлемент, один непроницаемый защитный пакет, один защитный конверт, одна коробка для транспортировки, документы (Инструкция по забору крови, Форма заказа и Согласие на обработку персональных данных).
За 1 рабочий день до планируемой даты забора биоматериала Вы сообщаете нам удобные дату, время и адрес (через мессенджер или иным согласованным способом). Мы подтверждаем детали и направляем курьера, которому необходимо передать готовый к транспортировке набор
Если по каким-либо причинам Вы не смогли передать набор курьеру в указанные сроки, Вы можете отправить его самостоятельно на адрес лаборатории или связаться с персональным менеджером для выбора новой даты забора.
Если передачу биоматериала оформляет ваш представитель, он должен предъявить документы, подтверждающие полномочия.
Все расходные материалы, предоставленные в наборе, являются оборотной тарой и подлежат возврату — либо вместе с биоматериалом, либо при прекращении действия услуги.
Инструкция по забору и транспортировке крови
.jpg)
